本校因鄰近原住民居住地區，校地遼闊，可提供充足場地、設備和資源，設有相關系所，可提供學術及行政支援，因而行政院原住民委員會與本校於民國 86 年 12 月 18 日於學生活動中心一樓簽約成立「原住民族學苑籌備處」，經費並由行政院原住民委員會挹注，主要辦理原住民族推廣教育，同時也積極爭取籌設原住民民族學院。籌備處在成立初期，其定位與角色乃是學制外的原住民終身教育學習體系，也就是銜接正式教育之外的非正式學習管道。其任務與目標除了爭取設立原住民學院外，亦在結合機關、學校、社團及社會資源，規劃辦理原住民族推廣教育。在組織與人事上，「原住民學苑籌備處」設籌備委員會，置籌備委員七人，分別由行政院原民會主委、副主委、教文處處長、教育部社教司長、東華大學族群所所長、教授及教育所所長等共同組成。籌備委員會係決策單位，負責審核計劃、預算、規章、人事，以及其他重大事項之審議與核定。在執行上，籌備處置主任及副主任各一名，由族群所所長及相關教授兼任，受籌備委員會監督，綜理會務。籌備處設執行秘書一人，專任，由行政院原民會及東華大學協商後聘任，實際負責推動籌備工作及業務，並定期參與行政院原民會擴大主管會報。籌備處另設專任研究助理兩人，一人留在本處，另一人駐原民會協助處理籌備工作。

．推廣教育與學術研究並重，期使本中心成為原住民終身學習及人才培育的搖籃及原住民政策的智庫。．強化服務、諮詢功能，及加強蒐集、整理、出版原住民相關資訊，並建立原住民文化資料庫。
．結合政府及民間資源，共同推動相關教育活動，構築原住民推廣教育網路，增進資源使用效能。
．推動原住民族國際交流與合作，與全球原住民團體建立關係，促進全球原住民間的連繫與合作。